Theo đó, máy bay VN5311 từ Narita (Nhật Bản) về Hà Nội của Vietnam Airlines nhận được một cuộc điện thoại đe doạ bắn hạ. 

Theo lịch trình, chuyến bay khởi hành lúc 10h30 (giờ địa phương), gồm 15 thành viên tổ bay (12 tiếp viên và 3 phi công), trong đó có 2 cơ trưởng cùng 47 hành khách.

Khoảng 11h10 (giờ địa phương), chi nhánh VNA tại Nhật Bản nhận được một cuộc điện thoại từ một đối tượng giọng nam giới tự xưng là người Mỹ, nói tiếng Nhật, với nội dung trao đổi “Chuyến bay VN5311 tốt nhất là quay lại Narita, nếu không sẽ bị bắn hạ khi bay qua vịnh Tokyo”.

Sau khi nhân viên nhận điện thoại hỏi: “Ông có thể nói lại điều ông vừa nói được không” thì nhận được lời đáp: “Tôi đang chuẩn bị bắn VN5311 khi bay qua vịnh Tokyo, tốt nhất nên quay lại”.

Khi đó, chuyến bay VN5311 đã bay được khoảng 40 phút và chuẩn bị bay qua vịnh Tokyo.

Ngay sau khi nhận cuộc điện thoại đe dọa nêu trên, Chi nhánh VNA tại Nhật Bản đã báo cáo nhanh vụ việc về Vietnam Airlines.

Đồng thời sau đó, hãng bay đã báo cáo vụ việc cho nhà chức trách Nhật Bản, Cục Hàng không Việt Nam và các cơ quan chức năng liên quan.

Theo cập nhật của PV, Cục Hàng không Việt Nam đã báo cáo Phó Thủ tướng Thường trực Phạm Bình Minh - Chủ tịch Ủy ban An ninh hàng không dân dụng quốc gia - về vụ việc và Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải (GTVT).

Sau khi được sự đồng ý của Phó Thủ tướng Thường trực Phạm Bình Minh và Bộ trưởng GTVT, Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam Đinh Việt Thắng đã chỉ đạo Vietnam Airlines liên hệ phía cơ quan chức năng hàng không Nhật Bản chuyển hướng tàu bay hạ cánh xuống sân bay Fukuoka (Nhật Bản).